De acordo com a Proposta de Avaliação Institucional Interna da UFT, o processo de autoavaliação institucional é fundamentado nos seguintes princípios: 

• Participação – Faz-se necessário que a comunidade universitária participe do processo de elaboração, efetivação, debate e revisão dos resultados para que a universidade como um todo possa visualizar melhorias na Instituição.

• Solidariedade – A partir do processo de avaliação institucional podemos potencializar ações no sentido de que os câmpus possam obter uma visão de unidade, buscando com isso criar uma teia de solidariedade para o compartilhamento de experiências e solução de problemas, visando à melhoria da Instituição.

• Globalidade – O processo de avaliação institucional deve tomar a Instituição como um todo, evidenciando a pluralidade e o respeito a suas características, e valorizando a Universidade como uma instituição voltada para os problemas sociais, políticos, econômicos e culturais da sociedade brasileira.

• Respeito à identidade institucional – É necessário respeito à identidade da Instituição, visualizá-la e localizá-la em seu contexto institucional e social.

• Não-premiação e não-punição – A avaliação não deve visar a mecanismos de premiação ou de punição. Deve visar à melhoria da Instituição.