A ideia da Universidade Federal do Norte do Tocantins (UFNT) nasce em 2015 com o movimento de estudantes, professores, servidores e organizações civis que, a partir do desmembramento dos Câmpus de Araguaína e Tocantinópolis da Universidade Federal do Tocantins (UFT), conquistariam autonomia financeira e pedagógica, tornando-se uma nova Universidade. E que, alavancariam as pesquisas na região, promovendo o desenvolvimento social e econômico da região norte do Tocantins.
A Universidade Federal do Tocantins (UFT) assinou termo de cooperação com o Ministério da Educação (MEC) e é a universidade tutora da UFNT. Assim, a criação da UFNT atende à necessidade de expansão do Ensino Superior na região norte do estado, além de beneficiar cerca de 1,7 milhão de habitantes, abrangendo 66 municípios do Tocantins, Pará e Maranhão.