O curso de Ciência da Computação da UFT teve origem com o curso de Processamento de Dados oferecido pela Universidade do Tocantins (UNITINS), mantida pelo governo do Estado do Tocantins, ofertado na cidade de Paraíso do Tocantins-TO. A partir de 2000, o curso foi transferido para a capital do estado, Palmas-TO, e passou a ser oferecido em conjunto com o curso de Ciência da Computação à medida que o curso de Processamento de Dados foi descontinuado.
O Curso de Bacharelado em Ciência da Computação foi autorizado por meio da Resolução nº 036/1999 do Conselho Curador da Fundação Universidade do Tocantins, conforme processo 038/SECUR/99 e ATA 001/99 da reunião extraordinária. Criado em janeiro de 2000, não se submeteu à inspeção avaliativa do MEC para entrar com processo de reconhecimento. Porém, houve um ato de reconhecimento pelo conselho estadual de educação, conforme parecer nº 340/2002, aprovado em 20/12/2002, tendo como processo nº 2002/2700/002088 e Decreto 1.772/2003, de 16/06/2003. Neste ato de reconhecimento, o curso obteve o conceito “C”.
O coordenador do primeiro semestre do curso de Ciência da Computação era o prof. Almir Joaquim de Souza, responsável pela estruturação do curso, a partir de agosto 2000 a profa. Hellena Christina passou a coordenar o curso por dois anos. Em seguida, o prof. Adevailton, a profa. Sandra Regina Rocha, o prof. Gentil Veloso Barbosa, prof. George Lauro Ribeiro de Brito, prof. Marcelo Leineker, Profa. Thereza Patrícia Pereira Padilha, prof. Eduardo Ferreira Ribeiro, prof. Warley Gramacho da Silva, prof. Ary Henrique M. de Oliveira e o prof. Alexandre Tadeu Rossini foram coordenadores de curso.
O Curso de Ciência da Computação implantou dois cursos de pós-graduação lato sensu, uma especialização em Desenvolvimento de Sistemas Computacionais de alta Complexidade, no ano de 2010 e a especialização em Sistemas de Apoio à Decisão, no ano de 2018, esta última, ofertada gratuitamente. Foram propostas ainda duas especializações em Informática na Educação, a primeira na modalidade presencial no ano de 2012, a qual não foi implantada, e a segunda no ano de 2018, na modalidade de Ensino à Distância (EaD) junto à Universidade Aberta do Brasil (UAB).
O Curso de Ciência da Computação propôs, no ano de 2011, o Curso de Pós-Graduação Stricto Sensu Mestrado Profissional Interdisciplinar em Modelagem Computacional de Sistemas (PPGMCS), que foi submetido à Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES). O curso foi implantado em 2013, e atualmente, conta com nomenclatura alterada para Modelagem Computacional de Sistemas, conta com o Conceito 4. Em 2017, o Curso de Ciência da Computação submeteu uma nova proposta de curso, Pós-Graduação Stricto Sensu Mestrado Acadêmico Interdisciplinar em Computação Aplicada (PPGCA), que está atualmente em processo de análise pela CAPES.
As Diretrizes Curriculares Nacionais, Projeto de Desenvolvimento Institucional e Sistema Nacional de Avaliação da Educação Superior são instrumentos usados como norteadores do planejamento ações administrativas e pedagógicas no Curso de Ciência da Computação. No que tange os sistemas de avaliação, os acadêmicos do curso já participaram de 03 edições do Exame Nacional de Desempenho de Estudantes (ENADE). O exame, realizado pelo Instituto Nacional de Estudos e Pesquisas Educacionais Anísio Teixeira (INEP), busca identificar o rendimento dos concluintes dos cursos de graduação, em relação aos conteúdos programáticos, habilidades e competências adquiridas em sua formação. Nas três edições, realizadas nos anos de 2008, 2011 e 2014, o Curso de Ciência da Computação obteve o conceito 3. O colegiado e o NDE do Curso de Ciência da Computação, desde 2015, vêm executando ações para a obtenção do conceito máximo junto ao exame, discutindo ações pedagógicas para elevar o conceito do curso para 4 ou 5.
Desde a sua implantação, o Curso de Ciência da Computação vem se destacando como principal referência da área no Estado do Tocantins. Possui uma infraestrutura física administrativa pedagógica completa, além de um corpo docente altamente qualificado. Destaca-se como um dos principais cursos da área de computação da Região Norte do Brasil recebendo e atendendo, inclusive, acadêmicos oriundos de grandes regiões dos estados circunvizinhos, tais como o leste do Mato Grosso, oeste da Bahia, sul do Piauí, Maranhão e Pará e o norte do estado de Goiás.