Alicerçada no curso de bacharelado em Engenharia Ambiental da UFT - o primeiro curso na área criado no Brasil, com ingresso de alunos desde 1992 - e estruturada a partir da criação e regulamentação da Lei da Política Nacional do Meio Ambiente, a proposta de criação do Mestrado Profissional em Engenharia Ambiental surgiu como uma resposta à necessidade de mão-de-obra qualificada para tratar de questões relacionadas com a proteção ambiental, levando em consideração os grandes ecossistemas brasileiros presentes no Tocantins - cerrado, Floresta Amazônica, pantanal e caatinga, que caracterizam o estado como uma região de ecótonos.

Pensando em disseminar esse profissional para as demais regiões brasileiras, a Fundação Universidade do Tocantins (Unitins) implantou o primeiro curso de Engenharia Ambiental do Brasil, e o Ministério da Educação e do Desporto, por meio da Portaria nº 1693, de 5 de dezembro de 1994, criou a área de Engenharia Ambiental e definiu o seu currículo mínimo. No processo de transição e federalização da Unitins, o referido curso de graduação foi incorporado à Fundação Universidade Federal do Tocantins (UFT), criada em outubro de 2000 e implantada em maio de 2003.

Assim, o curso de pós-graduação (mestrado profissional) iniciou suas atividades já na UFT, em 20 de outubro 2011, e foi reconhecido e homologado pelo Conselho Nacional de Educação (CNE) pela Portaria MEC nº 978 de 26 de julho de 2012.